Sebelum dilakukannya empat rangkaian perubahan terhadap Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, MPR memiliki posisi tertinggi dalam ketatanegaraan Indonesia. Akan tetapi, setelah dilakukan perubahan atau amandemen terhadap Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 kedudukan MPR menjadi sejajar dengan lembaga negara lainnya. Tidak ada lembaga negara tertinggi, hanya ada lembaga negara. Lembaga-lembaga negara yang terdapat dalam sistem ketatanegaraan Indonesia menurut Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945 yaitu Badan Pemeriksa Keuangan, presiden, Majelis Permusyawaratan Rakyat, Dewan Perwakilan Rakyat, Dewan Perwakilan Daerah, Mahkamah Agung, Mahkamah Konstitusi, dan Komisi Yudisial. Kedelapan lembaga negara tersebut dapat dikelompokkan dalam empat kelompok yaitu lembaga legislatif, yudikatif, eksekutif, dan eksaminatif. Akan tetapi, selain delapan lembaga negara yang telah disebutkan terdapat lembaga-lembaga independen. Lembaga ini diperlukan untuk kepentingan menjalin pembatasan kekuasaan dan demokrasi yang lebih efektif. Lembaga negara yang termasuk dalam lembaga independen yaitu Bank Indonesia, Komisi Pemberantasan Korupsi, Tentara Nasional Indonesia dan Kepolisian Republik Indonesia, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia, dan Komisi Pemilihan Umum. Penyelenggaraan pemerintahan Indonesia oleh lembaga-lembaga negara dapat berjalan lancar dengan dukungan seluruh masyarakat. Seluruh warga negara Indonesia diharapkan dapat berpartisipasi. Selain itu, seluruh warga negara Indonesia harus taat dan patuh terhadap hukum agar dapat mewujudkan pemerintahan yang demokratis dan menghormati hak-hak asasi manusia.