Kisah “Secret Scientists Heroes” ini menceritakan perjalanan tiga anak muda yang mempunyai bidang yang berbeda-beda dan mereka dipertemukan dalam satu kasus yang menimpa seorang anak Indigo dari Houston, Texas bernama Ristan, ketika sang anak indigo mengalami gangguan penyakit Afasia dan Aleksia secara tiba-tiba. Ternyata semua kejadian ini ada hubungannya dengan project yang sedang dibuat oleh Prof. Luis de Margo, sang pembimbing Arinda si ahli Bioteknologi. Profesor Luis sedang membuat project untuk membimbing para anak indigo itu agar kemampuan maksimal mereka bisa digunakan untuk kepentingan dan tujuan mulia, tapi ada pihak tertentu yang ingin menguasai project itu hingga akhirnya Profesor Luis de Margo diculik. Berkat kegigihan ketiga pahlawan “Secret Scientists Heroes” inilah, semua berhasil diatasi.