Tantangan perkebunan apel rakyat selama ini adalah keterbatasan pengetahuan dan keterampilan petani pada kebutuhan jaminan kemurnian batang bawah. Kendala lain adalah tidak tersedia varietas mata tempel saat dibutuhkan, proses penyediaan benih relatif lama dan hasilnya sangat beragam, benih tidak bersertifikat, keterbatasan budidaya tanaman, dan pemeliharaan kebun tidak efisien. Sebuah riset menyebutkan tanaman apel umumnya memerlukan syarat iklim dan lahan dengan ketinggian spesifik.