Pembahasan buku ini dibagi ke dalam empat bagian utama. Bagian pertama, berjudul “Negeri di Bawah Angin”, membahas proses awal islamisasi yang terkait erat dengan perdagangan laut dan pembentukan kerajaan. Hubungan ketiga aspek tersebut—Islam, perdagangan dan politik—tampil sebagai satu ciri utama proses historis Islam di kerajaan masa prakolonial, yang secara tradisional disebut “negeri di bawah angin”. Berkembang dalam suasana cosmopolitan di pusat-pusat dagang di wilayah pantai, islamisasi juga berbarengan dengan proses transformasi sosial dengan terbentuknya jenis manusia baru yang sarat dengan nilai-nilai kosmopolit dari kota-dagang di Nusantara. Di sinilah kita mengenal antara lain sistem ekonomi berbasis modal begerak, sistem bunga, dan sejumlah unsur lain yang sangat sulit ditemukan dalam moda ekonomi tradisional-agraris di pedesaan. Bagian kedua berisi pembahasan menyangkut perkembangan peradabanIslam. Masih terkait “negeri di bawah angin, perlu dijelaskan bahwa kerajaan-kerajaan Islam Nusantara menjadi basis bagi lahirnya peradaban Islam. Hal ini terkait dengan sikap penguasa yang memberikan fasilitas kepada para ulama untuk berada di lingkungan istana—sebagai imam shalat, guru agama, penasihat raja, dan ahli hukum—untuk melahirkan karya-karya intelektual keagamaan mereka di berbagai bidang. Lima aspek dikaji di bagian ini, yakni pemikiran dan tradisi politik, dan intelektualisme Islam dengan titik fokus pada sufisme dan neosufisme yang menjadi pemikiran Islam arus utama pada periode ini. Berikutnya adalah lembaga dan praktik hukum Islam, yang memang berkembang karena terkait kepentingan pihak kerajaan untuk membuat lingkungan yang tertib dan teratur. Aspek yang tidak kalah pentingnya adalah bahasa Melayu, tulisan Jawi, dan tradisi sastra. Semua aspek peradaban tersebut telah berjasa meletakkan landasan kuat bagi proses pembentukan sistem sosial-politik dan budaya, di mana Islam menduduki posisi sentral di dalamnya. Lebih penting lagi, aspek-aspek peradaban di atas terus menginspirasi proses perkembangan wacana intelektual dan sosial di Indonesia bahkan hingga kini.