Dua hal yang secara substantif memengaruhi dinamika perkembangan kebijakan itu ialah berubahnya relasi antara pemerintah pusat dan daerah (desentralisasi), serta perkembangan epidemi itu sendiri. Ketika sistem pemerintahan masih sentralistik, pendekatan vertikal sangat dominan, dengan aktor utama pemerintah pusat beserta mitra pembangunan internasional yang menyokong pendanaan penanggulangan AIDS di Indonesia. Kemudian desentralisasi bergulir, urusan kesehatan, termasuk penanggulangan HIV dan AIDS di dalamnya berubah karenanya. Perkembangan epidemi juga berkorelasi dengan perkembangan respons terhadapnya menciptakan perubahan-perubahan tertentu dalam penyelenggaraan program. Keberhasilan program penyadaran telah menciptakan permintaan (demand) atas layanan. Semakin banyaknya cakupan ODHA yang mendapat layanan Antiretroviral Treatment (ART)mendorong pergeseran program dari kampanye penyadaran ke penyediaan layanan kesehatan. Ini membutuhkan penyesuaian yang lebih memadai oleh penyedia layanan kesehatan dalam aspek standar, pemetaan prioritas, kebijakan, dan kebutuhan sumber daya guna untuk memastikan efektivitas dari proses manajemen; juga penyesuaian sistem operasional untuk menjamin tersedianya layanan berkualitas tinggi sejalan dengan pengembangan program.